Мишн-Бэй представляла собой лагуну, расположенную внутри солончака площадью более 500 акров и окружённую приливными водами, которые не отступали круглый год. Эта территория была естественной средой обитания и убежищем для больших популяций водоплавающих птиц, среди которых были утки, гуси, цапли, белые цапли, скопы и чайки. Первыми коренными жителями этой территории были еламу, говорившие на диалекте рамаитуш олоне. После создания Миссии Долорес в 1776 году европейские иммигранты подвергли коренное население воздействию различных смертельных болезней, которые уничтожили большинство коренных жителей залива Мишн.
С 1850-х годов этот район использовался для судостроения и ремонта, производства мясных продуктов, а также для ловли устриц и моллюсков. Начиная с середины 1800-х годов, в попытках сделать этот район пригодным для строительства, Мишн-Бэй, как и большая часть береговой линии Сан-Франциско, использовался как удобное место для сброса строительного мусора и обломков после землетрясения 1906 года. По мере того как болото укреплялось под тяжестью насыпи, эта территория быстро превращалась в промышленный район. С появлением железной дороги в Мишн-Бэй появились верфи, консервные заводы, сахарный завод и различные склады.
